Прорыв атмосферы может произойти при случайном напуске воздуха, повреждении смотровых окон, электрических вводов, сильфонов и т.п. Это приведет к порче продукта и остановке работы вакуумных насосов.

Магниторазрядные и криогенные насосы не чувствительны к прорыву атмосферы и после исправления ситуации могут быть вновь запущены (после регенерации крионасоса).

Турбомолекулярные насосы могут быть повреждены, если  в них по­падут твердые мелкие частицы. Но защитная сетка должна иметь крупные ячейки, чтобы не уменьшать  быстроту действия насоса.

При попадании атмосферы в диффузионные насосы кипение прекра­щается и вакуумные рабочие жидкости окисляются, прикипают к элемен­там конструкции насоса или выбрасываются в форвакуумный насос. При этом рабочая камера (если не перекрыт затвор) будет полностью загря­знена углеводородами вакуумной рабочей жидкости. Манометрические преобразователи, электронные пушки, смотровые окна необходимо сни­мать и чистить. Накаливаемые нити, электронные умножители необходимо заменить  Можно попытаться прогреть сверхвысоковакуумную систему, в противном случае ее надо полностью разобрать и очистить

Отключение электроэнергии при работе магниторазрядного насоса не приводит к негативным последствиям  Легко восстанавливают свое действие после отключения электроэнергии магниторазрядные, турбомолекулярные и диффузионные вакуумные насосы Для крионасоса необ­ходимо провести регенерацию

Все высоковакуумные системы необходимо оснастить таким автоматически срабатывающим оборудованием, которое бы  перекрывало вакуумную систему в случае аварии.

Отключение воды. Вода необходима для работы компрессора крионасоса, для охлаждения диффузионного и турбомолекулярного насоса, (хотя имеются конструкции с охлаждением воздухом)   В электрическую цепь устанавливаются выключатели, связанные с датчиками температуры или расхода воды, которые прерывают подачу электроэнергии и отклю­чают насос, если расход воды недостаточен.